Основными целями организации научной деятельности на факультете естествознания БГПУ являются:

- содействие интеграции научного и образовательного потенциала профессорско-преподавательского состава в образовательном процессе;

- создание условий для подготовки и переподготовки научных и научно-педагогических кадров высшей квалификации.

Основными формами организации научно-исследовательской работы профессорско-преподавательского состава факультета естествознания БГПУ являются:

• участие в работе научных и научно-практических конференций,
• издание монографий, учебников и учебных пособий,
• использование результатов научно-исследовательской работы в учебно-воспитательном процессе профессиональной школы.

Структуру научной деятельности преподавателей факультета традиционно составляют: госбюджетные научные исследования, включаемые в тематические планы научно-исследовательских работ кафедр факультета; научные исследования временных творческих коллективов на финансируемой основе.

Профессорско-преподавательский состав кафедр факультета принимает участие в выполнении  научных программ различного уровня: ГП развития специального образования в Республике Беларусь на 2012-2016 годы; ГПНИ  («Природно-ресурсный потенциал», «Конвергенция»), а также  участвуют в выполнении научных тем, финансируемых БРФФИ и МО. Научные исследования выполняются в соответствии с Приоритетными  направлениями научно-технической деятельности Республики Беларусь.

Кафедры факультета естествознания поддерживают научные творческие связи с научно-исследовательскими институтами и вузами:  Институтом генетики и цитологии НАН РБ, Институтом биофизики и клеточной инженерии, Центральным ботаническим садом НАН РБ, Институтом биоорганической химии НАН РБ, Институтом экспериментальной ботаники им. Купревича, НИИ плодоводства, НИИ овощеводства,  Международным государственным экологическим университетом им. А. Д. Сахарова, Белорусским государственным университетом, Гидрометцентром  Беларуси и др.

Научно-исследовательская деятельность кафедр факультета естествознания направлены на развитие и совершенствование образовательного процесса и повышение качества подготовки выпускников всех ступеней образования. Результаты НИР широко используются при разработке новых учебных стандартов в сфере педагогического образования, курсов и программ, подготовке учебников и учебных пособий.

Содержание и характер научно-исследовательской работы кафедр факультета определяется их профилем.